امام خمینی بعد از شهادت مصطفی خمینی ؛
" این حادثه جزء ناچیزی از حوادثی است که بر فرزندان اسلام می گذرد "

بنیانگذار کبیر انقلاب اسلامی ایران 13 آبان 1356 به مناسبت شهادت آقای سید مصطفی خمینی گفتند : « این حوادث و مصیبتها در مقابل حوادث و مصیبتهایی که بر اسلام ومسلمین وارد شده است ناچیز است ».

امام خمینی بعد از شهادت مصطفی خمینی ؛

" این حادثه جزء ناچیزی از حوادثی است که بر فرزندان اسلام می گذرد "

بنیانگذار کبیر انقلاب اسلامی ایران 13 آبان 1356 به مناسبت شهادت آقای سید مصطفی خمینی گفتند :« این حوادث و مصیبتها در مقابل حوادث و مصیبتهایی که بر اسلام ومسلمین وارد شده است ناچیز است ».

 حضرت امام خمینی ( ره ) در ادامه فرمایشات شان می فرمایند :«اسلام عزیز قرنهاست با نفوذ اجانب ، مواجه با انحرافها و کج فهمی ها است . اسلام را که یکتا مکتب الهی مبارزه  است ، با تبلیغات سوء عمال اجانب به شکل دیگرجلوه داده اند،قرآن کریم را که دستور الهی در قتال با مشرکین و مترفین وتنها کتاب آسمانی محرک بر ضد استعمار و ظلم است ، به گونه ای دیگر وانمود نموده اند . احکام نورانی و نجات بخش اسلام عزیز یکی پس ازدیگری پایمال اغراض استعمار به وسیله عمال خبیث آنان می شود .

" اسلام بزرگ" سد مقابل اجانب به دست خود فروختگان بی مایه شکسته می شود تا برای چپاول و غارتگری اجانب باز شود.  سهل انگاری سران ممالک اسلامی و تشتت و تفرقه آنها موجب سلطه روز افزون مستعمرین برمقدسات و مقدرات مسلمین شده است . ما در طول 50 سال سلطنت غیر قانونی دودمان سیاهروی پهلوی که مستقیماً و به حسب اعترافات شاه فعلی مامور اجانب بوده اند ، مبتلا به مصایبی بودیم که این مصیبتها نزد آن کوچک است " تصغر عندها المصائب ".

ما در زمان شاه سابق شاهد کشتارها ، چپاولها ، اختناقها ی طاقتفرسا بودیم . ما شاهد قتل عام مسجد گوهر شاد جنب حرم مطهر ثامن الائمه (ع) بودیم . ما شاهد اسارت علمای بزرگ خراسان و آذربایجان و قتل بعض از آنها بودیم . ما شاهد چیزهایی بودیم که به تفضیل ، آن در تاریخ آتیه ثبت خواهد شد .

ودر زمان شاه فعلی شاهد فجایعی بوده و هستیم که ر وی چنگیز را سفید کرده ؛ شاهد قتل عام فجیع انسانی 15 خرداد ( دوازدهم محرم ) بودیم که عدد کشتگان آن به قراری که می گویند بر 15 هزار نفر بالغ بود و تعداد زخمیها را خدا می داند .

ما شاهد هجوم به مدارس دینیه و دانشگاها بودیم که در آن قتلها و غارتهای فراوان و اهانت به قرآن کریم و کتب مقدس اسلامی و هتک وضرب طلاب علوم دینیه و آتش زدن کتابها ی آنان و در دانشگاه ضرب و جرح جوانان و دختران بودیم . ما شاهد زندانهای مملو از علما و دانشمندان و آزادی خواهان که در آنها شکنجه ها ی قرون وسطایی امری عادی بود و هست بودیم .

ما شاهد بودیم که زمانی که مسلمین با کفار اسرائیل در حال جنگ بودند ، دولت ایران به امر شاه ، دولت اسرائیل را به رسمیت شناخت و علما مخالفت کردند . شاهد کمکهای این مرد سیاهدل به اسرائیل بودیم و در حالی که مسلمین را آواره می کردند وبه خاک و خون می کشیدند ، نفت و اسلحه و کمکهای دیگر که بودجه آن از خون دل و دسترنج ملت ایران تهیه می شد در اختیار آنها می گذاشت .ما شاهد این همه مصیبتها و انحرافات و خیانتها بوده وهستیم که مصیبتهای شخصی ( شهادت  آقا مصطفی ) را باید فراموش کنیم». ( 13 آبان 1356 نجف شهادت مصطفی خمینی صحیفه امام جلد 3 صفحه 254 )

اما م خمینی در فرمایشات شان از سید مصطفی خمینی بعنوان "امید آینده اسلام" یاد می کنند ودر 13 آبان 1356در پاسخ به پیام تسلیتی می فرمایند : من امید داشتم که این مرحوم ( آیت الله مصطفی خمینی ) شخص خدمتگزار و سودمندی برای اسلام و مسلمین باشند ؛ ولی ؛ لا رادّ لقضائه ( قضای او را هیچ برگرداننده ای نیست ) و انّ الله لغنی عن العالمین ( همانا خداوند از عالمیان بی نیاز است ) .

یادداشت تاریخ شهادت سید مصطفی خمینی به دست مبارک اما م خمینی (ره)

انا لله وانا علیه راجعون

در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعده الحرام 1397مصطفی خمینی ، نور بصرم و مُهجه (خون ،روح ، روان ) قلبم ، دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد .

" اللهم ارحمه و اغفرله و اسکنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین – علیم الصلوه والسلام ".

آیت اله مصطفی خمینی ، پس از دورانی پر رنج ، تلاش و مبارزه ، در سحر گاه یکشنبه اول آبان ماه 1356 (1397 ه.ق) در سن 47 سالگی در نجف به طور ناگهانی و مرموز در خانه خود در گذشت .